专利侵权诉讼案件的处理既涉及到法律问题又涉及到技术问题。以一起发明专利侵权案件为例：A公司拥有一项发明专利，在甲地有代理商B公司和C公司。后A公司与B公司终止了代理协议，但终止后，B公司仍然生产相同的产品，并且授权D公司也生产这种产品。这种情况使得C公司的利益深受其害，要求A公司通过法律途径打击B、D公司的专利侵权行为。
一、关于起诉人资格问题：
有权提起侵权诉讼的人，应该首先是专利权人。我国专利法未明确规定专利被许可人是否有权自行对专利侵权人提起诉讼。在上述案例中，专利被许可人C公司最先发现B、D公司的侵权行为，并且在该案中，C公司的利益因B、D公司侵权行为的影响，市场份额和业务收入大大减少，受到损失最大；而A公司的专利权虽受到侵犯，但其仍然可以按照合同收取C公司的专利使用费。因此，从理论上讲，专利被许可人也应当有权起诉。但我国法院目前在实践中一般是要求专利权人作为唯一原告。为解决这一问题，保护专利被许可人的合法权益，在立法没有新的规定出台前，实践中可采取如下对策：1、被许可人在利益受损时，要及时请求专利权人提起诉讼。2、在签订专利许可合同时，可以约定发生侵权时，专利权人对侵权人的请求权转让给专利被许可人，所得赔偿也归被许可人。3、如果法院没有受理被许可人提起的诉讼，专利权人必须及时提起诉讼，否则必须承担合同规定的违约责任。
二、确定对方的行为是否构成侵权：
要确定对方是否构成侵权，首先要通过合法途径取得对方的产品。取得对方产品的方式主要有两种：1、从公开市场上购买，销售者可能是侵权人也可能是第三方。专利权人需要做的主要是让第三方提供专利侵权产品的来源。2、第三方直接从侵权人那里购买，然后提供给专利权人。第三方可能是基于专利权人的委托，也可能是购买后的自愿披露。在取得侵权产品时，要注意购买的产品确实是专利侵权者生产或销售的产品，并取得合乎要求的票据；如果是第三方取得的，还必须由第三人证明购买的全部过程。在购买侵权产品时，可以实行公证取证，由公证人员一同购买，封存侵权产品，并由公证处出具公证文书，在提起诉讼时作为证据提交法院。其次，在取得对方的侵权产品后，必须将自己的专利权利要求书同专利侵权产品进行对比，看对方产品的技术特征是否落入自己专利的权利要求保护范围之内。必须明确，发明或实用新型专利权的保护范围以其权利要求书为准，说明书及其附图只是用来解释权利要求。权利要求与专利产品的对比涉及到许多技术问题，但从法律层面上讲，权利要求书中的权利要求可分为“独立权利要求”与“从属权利要求”。独立权利要求应当从整体上反映专利的技术方案，记载为达到专利目的的必要技术特征。在实践中，未经许可而仿制他人的专利产品或使用他人的专利方法，一般较少。侵权方往往会对专利技术稍加改动，生产出相应的侵权产品。《最高人民法院关于审理专利纠纷案件适用法律问题的若干规定》中规定了专利侵权判断的等同原则。该规定对专利法第56条第1款进行了解释，是指专利权的保护范围应当以其权利要求书中明确记载的必要技术特征所确定的范围为准，也包括与该必要技术特征相等同的特征所确定的范围。记载的必要技术特征也正是独立权利要求的内容。等同特征必须同时具备两个条件：1、于权利要求中的技术特征以基本相同的手段、实现基本相同的功能、达到基本相同的效果；2、本领域的普通技术人员无需经过创造性劳动就能够联想到，也就是对本领域普通技术人员来讲是显而易见的。因此，在对比时，主要是将权利要求书中的独立权利要求同侵权产品进行对比，侵权产品不完全符合独立权利要求时，还要根据等同原则来判断。
三、确认对方实施的侵权行为和确定求偿金额：
对于发明和实用新型专利，未经专利权人许可，不得为生产、经营目的制造、使用、许诺销售、销售、进口其专利产品，或者使用其专利方法以及使用、许诺销售、销售、进口依照该专利方法直接获得的产品。对于外观设计专利权而言，未经专利权人许可，不得为生产经营目的制造、销售、进口其外观设计产品。这里讲的“许诺销售”，是指以做广告、在商品橱窗中陈列或在展销会上展出等方式作出销售商品的意思表示。
在确定侵权行为后，还要确定要求侵权方赔偿的金额。根据专利法及相关司法解释的规定，在确定侵权方赔偿金额时，专利权人可根据案件实际情况，比较利益大小，选择要求按照自己的损失或侵权方获利来赔偿。上述两种方式都难以确定的，可以向人民法院提供参照的专利使用费标准。专利权人还可以将权利人因调查、制止侵权行为所支付的合理费用计算在赔偿数额范围之内。
四、证据的提交与庭审中应注意的问题：
在提交证据时，最好对证据进行分门别类。证据可以分为三类：权属状态、侵权行为、赔偿依据。权属证据包括：专利证书、专利登记簿副本、专利说明书、专利费发票等。侵权事实的证据包括：非法授权书、广告等许诺销售、购买侵权产品的发票、购买的侵权产品实物、购买情况的说明、侵权方生产销售情况等。赔偿依据方面的证据包括：销售量减少的证据、合理利润的证据、侵权产品销售量的证据、专利使用费标准、调查制止侵权行为的合理费用。证据提交要符合最高人民法院有关证据交换的规定。