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根据修改后刑诉法，鉴定意见作为一种独立的言词证据，应当接受控辩双方的发问，经查证属实后，方能作为定案根据。
最高人民法院《关于适用〈中华人民共和国刑事诉讼法〉的解释》（以下简称《解释》）第八十四条明确规定，对鉴定意见应当着重审查以下内容：
（一）鉴定人和鉴定机构是否具有法定资质
国家对从事司法鉴定业务的鉴定人和鉴定机构实行登记管理制度。
1．鉴定人应具备的条件。一是鉴定人是否在下列四类鉴定业务范围内从事鉴定工作：法医类鉴定；物证类鉴定；声像资料鉴定；其他鉴定事项。二是资历、能力要求。这主要是审查鉴定人是否具备解决案件中专门问题的科学知识和技能。
2．申请登记的鉴定机构应具备的条件。是否有明确的业务范围；是否有在业务范围内进行司法鉴定所必需的仪器、设备；是否有在业务范围内进行司法鉴定所必需的依法通过计量认证或者实验室认可的检测实验室；是否每项司法鉴定业务有三名以上鉴定人。
（二）鉴定人是否存在应当回避的情形
鉴定人是否依法回避，鉴定活动是否受到不当干扰，是否仔细、认真，有无受到外界影响，有无徇私、受贿，或受到威胁、引诱、欺骗，而作虚假鉴定的情况。
根据刑诉法和相关规定，鉴定人及其近亲属与本案有无利害关系，或有其他可能影响客观鉴定的情况，作为诉讼参与人的鉴定人应当遵守法律有关回避的规定，以确保鉴定人的中立客观，确保所作出的鉴定意见的真实性。对于鉴定人应当回避而未回避的，鉴定意见不得作为定案的根据。
（三）检材是否充足可靠
1．检材及其来源问题。鉴定活动必须有供鉴定所用的检材，而检材的来源是否真实、合格、合法都直接关系到鉴定意见的正确、合法、有效。
2．检材的取得及其保管、送检等是否符合法律和相关规定。检材的取得和保管方式是否符合操作规范，直接影响检材的检验结果或鉴定意见的客观性。
3．检材是否充分、可靠。鉴定所依据的材料如果不充分，如果数量太少，或质量太差，如做DNA血迹量太少、鞋印非常模糊，或者鉴定材料不可靠，调换了应予鉴定的材料如X光片等，就必然会影响鉴定意见的真实可靠性。
（四）鉴定意见的形式要件是否完备
鉴定意见的形式要件包括鉴定意见的书面格式（鉴定文书的类型）和内容、鉴定人的人数、鉴定人的签名或盖章等问题。鉴定意见在形式内容上的完善程度，不仅影响到鉴定意见本身的合法性和规范性，而且也会影响到鉴定意见的真实性；鉴定过程和鉴定使用的方法是否科学，根据这样的设备和方法所作出的鉴定意见，可靠性有多大。
（五）鉴定程序是否符合法律、有关规定
鉴定人进行鉴定时，是否依法回避，鉴定过程是否受到外界影响；鉴定人是否依照法律、法规、职业道德和职业纪律，基于专业知识，遵守技术操作规范，就专业性事项进行鉴定；鉴定人是否独立进行鉴定，对鉴定意见负责并在鉴定书上签名或盖章；若为多人参加的鉴定，对鉴定有不同意见的，是否注明并签名或盖章。
（六）鉴定的过程和方法是否符合相关专业的规范要求
鉴定人是否按严谨的操作规程实施鉴定活动，鉴定过程中实验室仪器设备运转是否正常等问题。鉴定人在保证结果的准确性时，应当选择与自己实验室条件匹配同时又能满足鉴定需求的鉴定方法进行鉴定。鉴定人鉴定时方法可参考的科学判断法则，如证据可采性标准方面可参考“普通接受标准”的弗赖伊法则或“综合观察标准”的多伯特法则。
（七）鉴定意见是否明确
鉴定意见是否有科学根据，论据是否可靠，论证是否充分，论据与结论是否有矛盾，结论是否明确。在司法实践中，鉴定人运用专业知识对刑事诉讼中的专门性问题进行鉴别和判断后，需要作出明确意见。“可能是”、“倾向是”、“不排除”等不明确意见，在刑事案件中没有证据价值，更没有证明力。当然由于鉴定对象的不同，鉴定意见的表述也各不相同，但应当提出明确的判断意见。
（八）鉴定意见与案件待证事实有无关联
每个案件的各个环节都是有机联系的，鉴定意见仅是其中的一个方面，判断鉴定意见是否科学、正确，一个重要的方法就是将鉴定意见与全案其他证据情况进行联系对照。若经审查鉴定意见与案件待证事实之间并无关联，则该鉴定意见不具有证明价值，应当予以排除。
（九）鉴定意见与勘验、检查笔录及相关照片等其他证据是否矛盾
综合全案证据对某项证据进行审查判断，是证据审查判断的基本要求和方法。对于鉴定意见的审查与判断亦应如此，应注意与其他证据之间能否印证，是否存在矛盾。应重点审查“鉴定意见与勘验、检查笔录及相关照片等其他证据是否矛盾。
（十）鉴定意见是否依法及时告知相关人员，当事人对鉴定意见有无异议。
鉴定意见是指在诉讼过程中对于案件中的专门性问题，按照诉讼法的规定，经诉讼当事人申请、司法机关决定或司法机关主动决定，指聘具有专门知识的鉴定人运用科学技术方法，对专门性问题作出的科学判断结论，是法定证据之一。所以依法实行鉴定意见的告知，并了解当事人对鉴定意见有无异议，是诉讼程序的重要组成部分。